Geleneksel Pilates ve Klinik Pilates arasında önemli farklar vardır . Geleneksel Pilates, Pilates eğitmeni tarafından uygulanabilirken,Klinik Pilates Fizyoterapist veya Egzersiz Terapisti tarafından yürütülmektedir. Bir Fizyoterapist ya da Egzersiz Terapisti , bir Pilates eğitmeninin aksine , yaralanma , patoloji , bedensel fonksiyon, sağlık ve hareket kalıpları ile ilgili derinlemesine bir bilgiye sahip olduğundan, bu fark çok önemlidir. Bu şekilde Fizyoterapist her hastayı değerlendirebilmekte ve her birey için en etkili olacak egzersizleri daha doğru şekilde belirleyebilmektedir. Özellikle kişide bir yaralanma öyküsü varsa ( bel ağrısı, omurga , osteoporoz veya bir geri yaralanma gelen bir sporcu gibi ) çalışılacak egzersiz modaliteleri çok daha önemli hale gelir.